Диск С: очистка
 

Обём 48 гигобайт , свободно только 3.
Все вложенные пакпи , если верить свойствам , сумарный обём не более 20 Гб.
Куда девается всё остальное?

Остальное никуда не девается, просто объём всего остального не отображается в свойствах, потому как разрешений на доступ к этим файлам и папкам у пользователя нет. Объём папок, к которым пользователю закрыт доступ на чтение, отображается как 0 байт, независимо от реального размера. В свойствах также не учитываются объёмы файлов подкачки и гибернации. Существуют сторонние утилиты для просмотра занятого дискового пространства, SpaceSniffer к примеру, запускать их нужно от имени администратора.