1. Флопы отрубить в биосе как класс.
2. Согласен, надо разобраться с приоритетностью загрузки (хотя ведь сообщения показываются при ВЫключении, а не наоборот)
3. Проверить, действительно может крышка корпуса где отходит? Правда лично сам сталкивался с этой опцией (отслеживание открытого корпуса) только в биосе.
А еще какая-нибудь из программ, висящих в трее, может не успеть выгрузиться. У меня скайп что-то подобное вытворяет.