Тут может сказаться состояние файлов. Многие программы по восстановлению показывают в каком состоянии находится файл: хорошее, неочень и плохое, соответственно они и работать будут после так же. Еще у таких прог есть опция какой тип файла восстанавливать, если есть - мультимедия файл, то надо указать. И, думаю, есть зависимость от файловой системы, т.е. если вы восстанавливали отформатированный раздел НТФС, то и складывать результат надо на такой же раздел в НТФС. И ни в коем случае не указывать место получателя тот раздел, что восстанавливается.