Если планируется делать отверстие на боковой крышке корпуса, и ставить вентилятор, то думаю не надо этого делать, так как в большинстве случаев этот вентилятор приносит мало пользы и об этом много тестов в сети.
Многое зависит от корпуса.
Больше пользы если снять боковую крышку корпуса.