Если в качестве заказчика и исполнителя на установку ПО выступают юридические лица, то обязательно заключается договор, который содержит такую фразу: "Исполнитель устанавливает ПО,
принадлежащее заказчику." Этого вполне достаточно, чтобы инсталлятор не попал под удар.
Что касается разработчиков ПО, то любой компилятор/линковщик оставляет свою запись о лицензии внутри создаваемого файла. Доказать нелицензионность софта, используемого при создании программ - раз плюнуть. Будьте бдительны!
P.s.
Артём, большое спасибо за интересную статью и поднятую тему.