Я бы запустила ещё раз chkdsk с ключом r (chkdsk e: /f /r), а вдруг на диске есть повреждённые сектора.
Потом можно диск поставить на свой компьютер, попробовать запустить, если windows не загружается, то запустить установку с установочного диска в режиме восстановления.