Изначально надо удалить заразу, прописавшуюся в вашей системе, а не только на флешке. После лечения компьютера скачайте этот
показ_скрытых_папок.rar архив, распакуйте и скопируйте батник в корень флешки. Запустите его. С большой долей вероятности все файлы после этого будут видимы.