У нас в разделе Библиотека есть тема, где выложены драйвера для USB под Win98, если там не найдете - могу и на почту скинуть
Уж что-что, а флешки я без проблем читал под этой системой, но только в FAT32, естественно. Для поддержки NTFS тоже есть утилитка. ее в autoexec.bat прописываете - и вуаля, все работает