Проблему пришлось устранять вот таким способом:
Чтобы постоянно вращался куллер и давал нормальное охлаждение, пришлось брать питание от винчестера ( почему от винчестера, при входе в спящий режим - питание там отключается, а также при полном выключении питание пропадает, сначала думал от ЮСБ взять, но к сожалению там питание есть постоянно). Напряжение на винчестере 5 В, чтобы немного сбить шум от куллера, просто поставил последовательно еще резистор в 30 Ом.
Сейчас пропали странные висячки которые появлялись, при длительной нагрузке системмы, температура не поднималась больше 46 градусов. Игры, понятно какие могут быть игры в таком нотике, перестали тормозить - например Need for Speed Most Wanted, до этого через минут пять игры такие висячки начинались, сейчес же можно хоть более-менее поиграть.
Правда жаль, что пришлось доставать паяльник, но как программно управлять куллером, я нигде не нашел. :(