1. Две системы отлично живут вместе на разных дисках, даже на одном могут.
2. Ставим сперва Ubuntu Linux.
3. Отключаем диск hdd2 и подключаем hdd1.
4. Ставим Windows.
5. После подключаем все hdd, загружочным выбираем hdd2.
6. Обновляем grub через консоль в Ubuntu
Установка на один hdd в обратном порядке: сначала ставим Windows, потом Linux.