У Вас какой антивирус?
У Avast`а есть такая функция (на счет других не знаю) так и называется "сканирование при загрузке" то есть сканирование проходит не во время работы Windows, а во время перезагрузки! Знаете программы которые работают в DOS режиме? Старый Acronis, или Victoria? Вот так же примерно работает антивирус - без оболочки Windows, драйверов и прочих мест где могут прятаться активны вирусы, потому как неактивные уже не спрячутся!
