Для начала проверьте, чтобы кодовая страница совпадала. Сделать это можно через конфигуратор. Затем попробуйте импорт или слияние баз.
Судя по всему, конфигурация у вас самописная, не официальная, так что придется пообщаться с техподдержкой на тему правильного слияния данных.