Файлы одного приложения в результате фрагментации могут быть разбросаны по всему диску. Считывающей головке ЖД придется "прыгать" из сектора в сектор, чтобы их прочитать, когда вы работаете в этой программе. Дефрагментация позволяет эти разрозненные файлы собрать в кучу, расположить их рядом друг с другом, тем самым повышается скорость чтения и обработки данных с ЖД.