Поддержка 3.0 обеспечивает обмен данными на скорости, соответствующей этому протоколу, но не влияет на работоспособность флешки в принципе. Если материнка не поддерживает 3.0, накопитель будет работать на скорости 2.0.
Тут, как мне кажется, дело в другом. Просто USB порт отвалился, или флеха приказала долго жить.
Кстати 2 порта USB 3.0 у этой модели материнки имеют выход на заднюю панель корпуса.