Микроконтроллер - маломощный процессор снабженный периферийными модулями. То есть, к микропроцессору нужны дополнительные узлы - порты ввода-вывода, память и т.д. и т.п. Процессор это практически голое арифметико-логическое устройство с регистрами, без периферии он работать не сможет, микроконтроллеру в большинстве случаев ничего не нужно, он способен работать самостоятельно.
У микроконтроллеров есть один минус в сравнении с микропроцессорами - отсутствие гибкости архитектуры устройств на них построенных, но для сферы их применения это не имеет большого значения. Впрочем, в некоторых микроконтроллерах шина выведена на внешние выводы, к ней периферию можно подключать минуя порты ввода-вывода МК,
Насчет "прошивания" верно, это запись программы во внутреннее или внешнее ПЗУ микроконтроллера.