День добрый!
Попробуйте программу IDM Scan - используем а агентстве недвижимости, бумаг море. Правда, они в основном разные, поэтому разбиваем их по папкам и автоподатчик не сильно помогает в нашей ситуации. Можно выводить в PDF с сохранением структуры документов и многостраничный TIFF. Кстати, в этой программе скоро планируется поддержка автоподачи и дуплекса.