Неа, Finereader чуть громоздкий, и судя по всему нераспознанные документы не сохраняет в PDF. Пользуюсь пока что советом ww01031977, сканирую стандартной утилитой виндовс в tiff -файл, дальше печатаю через виртульный принтер doPdf в нормальную pdf. По окончании кусочки pdf-ок соеденю в один через какой нибудь PDFCombine.
Бумаг очень много, так что если найдеться хорошая программа, или более удобный алгоритм работы, дайте знать пожалуйста.