есть разные МК, например ARM, AVR и PIC, прошиваются они по разному, соответственно нужны разные программаторы и разный софт.
Программатор уже есть? МК есть какой-нибудь?
Определись, с какими МК будешь иметь дело.
тут моя первая написанная программа
Простейшая программа для AVR на ассемблере
а тут, чуть усложненная мигалка
Изучаю ATtiny2313
можно конечно не заморачиваться, если есть прошивки и пр., но все же нужно знать, что будешь прошивать)