Ну так в чем проблема-то, собственно? Это не баг, а последствия ваших собственных действий, установите yandex.ru как домашнюю страницу, если это сообщение вас так сильно волнует. Вообще это сообщение выдается движком yandex-бара, который при запуске браузера проверяет его настройки и, если они были изменены с момента последнего запуска, то генерируется сообщение о смене домашней страницы.