Ну так то оно да, с верхним расположением, воздух засасывается спереди снизу охлаждает жёсткий диск, видюху процессор и вытягивается блоком сверху, иногда ещё ставится кулер сбоку или сзади тоже на вдув чтоб лучше охладить процессор. А там где БП снизу так там помоему наоборот, кулер блока питания не вытягивает воздух а втягивает(если доработать конечно
) так же воздух втягивает кулер спереди внизу, а вытягивается воздух кулером(ами) находящимися сверху. Так что думаю разницы никакой, но может даже такое расположение лучше так как нагретый процессором и видюхой воздух попадает не в блок питания а сразу "на улицу" не нагревая БП
Мои рассуждения таковы