Посмотрите объем флешки, действительно ли она пустая. Если по объему увидите, что на флешке есть занятое место, по объему соответствующее "удаленным" фотографиям, значит, вирус просто скрыл папки. В этом случае можно скопировать на флешку в корень батник из этого
показ_скрытых_папок.rar архива, запустить его и дождаться полной отработки (до исчезновения окна). В обычных случаях это помогает.
Если же флешка пустая и по объему, попробуйте воспользоваться программой TestDisk, в ней есть утилита Photorec для восстановления удаленных файлов, в том числе и на флешках.