Я пользуюсь Total Uninstall, хорошо справляется с удалением. Разными твикерами, чистильщиками и оптимизаторами вообще не пользуюсь. Можно, конечно, и руками, но нужны знания. Реестр - вещь серьезная, предпочитаю его вообще не трогать без крайней необходимости.