да пусть будет. А вообще, может поставить на второй диск винду, на неё по-новой антивирус, и запустить, чтобы просканировал всё?
(я это только что сам придумал, но думаю должно сработать)
По идее, вирусы запускаются при старте винды. Так а мы не будем её запускать!
Только не открывай разделы C:\ D:\ и тд через проводник, ведь там может быть авторуны.