это по разному, вобще сейгет выпускают прошивку в exe файле, он обновляет прошивку контроллера прям из под винды, ни чего не теряется.
если же контроллер дохнет, то прошивают его через дебаг разъём, в принципе файлы остаются но для лучшего результата советуют нискоуровневым форматированием пройтись по поверхности.
но если хард хорошо виден в биос то я засомневался что дело в прошивке!
лучше отнесите его по гарантии, себе дешевле