Примерно тоже делала программа USBGuard...
Создаваемый ей файл и каталог удавалось удалить только форматированием флешки. Но есть ма-а-аленький фокус: "вакцинированная" флешка может быть вирусоносителем, хотя сам вирус с неё запуститься и заразить кого-то ещё не может. По теме: я сам с этим работаю постоянно и покупаю флешки с "презервативами", как вариант если такую найти не удаётся то можно брать картридер и SD-флешку (или мини/микроSD с переходником) с защитой от записи.