Скачиваешь вот это:
HDDGURU: HDD LLF Low Level Format Tool
Устанавливаешь на рабочей системе, свой диск, который надо отформатировать, подключаешь вторым и форматируешь.
Потом скачиваешь это:
Victoria. Скачать бесплатно Victoria
Запускаешь, на вкладке "Standart" выбираешь свой винчестер и на вкладке "Test" проверяешь его. Если на карте диска будут рыжие, красные или крестиком секторы, повторно прогоняешь форматирование первой программой. Желательно добиться чтобы их не было совсем, но больше трёх раз форматировать смысла тоже нет. По окончании всех манипуляций устанавливаешь винду с загрузочного диска, должно всё отработать.