не знаю как там перегруз с файлами - но 1. вы тонким слоем намазали термопасту? ( так как не мажется толстым - это не бутерброд с маслом) хорошо вставили крепление ( или закрыли) Кулера?
2.по поводу что работает с 300 Гб а с 500 Гб нет.....
какой блок питания у вас? какое желео в точности ( напишите название).
+ сделайте проверку что на материнке - нету вздутых конденсаторов ......