Файлы в том же самом виде, в каком были в папке "Мои документы".
Переместил файлы из папки "мыши" в "Мои документы" и произошло чудо! Ярлыки в меню "Пуск" появились сами, без каких либо настроек реестра и прочих издевательств над осью и даже без перезагрузки. Спасибо за совет, мне после произошедшего боязно было вообще что либо трогать, с таким столкнулся впервые, обычно "Мои документы" удалить почти невозможно, а тут... Осталось только проверить, как отреагируют приложения на возвращение принадлежавших им блудных файлов.