Ну так если вы меняете системный блок, то начинка-то вся другая, и железо, и операционная система. Так что в такой проверке смысла нет, надо ковырять другое.
Я думаю, имеет смысл проверить жесткий диск. Шлейфы к нему хорошо подключены? Если есть возможность, поменяйте их. Щелчков никаких нет при работе?
Какое железо в компе (матплата, процессор, видеокарта, память, диски, блок питания)?