Какой конфиг машины?
У меня была схожая ситуация (запускалось все нормально если юзал только браузер, аимп т.е. не нагружал ни процессор ни видюху - все ОК, но... если запустить игрульку то через 30сек-2мин начинаются жуткие лаги секунд на 5-10 - потом с минутку все нормально - потом опять...) в общем долго ломал голову. Причем как только собрал комп - таких проблем не наблюдалось, вылезло через полгодика где то. Наткнулся не помню уже где то в инете на эту тему - якобы процы с данной версией ядра не дружат с определенным чипсетом. Проблему решил сменой материнской платы.
З.Ы.
Процессор был Athlon 5000+
Мать Asus M2N X-plus (как то так вроде точно уже не помню) заменил на Gigabyte MA770-UD3