При инсталляции таких предложений не поступало
В Винде установлен FF по умолчанию,тем более,что в ранее созданных PDF-ках такой проблемы нет.
И еще. В старых доках,при наведении курсора на ссылку он принимает вид пальчика с наложенным на него квадратиком с буквой W и ссылка открывается немедленно после нажатия на нее, в новых курсор без буквы W и при нажатии сперва появляется окно с подтверждением перехода и только после оного открывается ссылка,но уже в IE.
Для чтения PDF использую FoxIt Reader. Acrobat по любому открывает IE.