Все оказалось гораздо проще, чем я думал) Скинул клип в mkvtoolnix, он автоматом разделили файл на аудио и видео, просто заменил аудио дорожку и все готово) Кроме того туда так же легко можно засунуть звук по .flac формате) В общем я доволен)
т.к. клипы буду смотреть только дома на телевизоре - конвертировать матрешку в другой формат не вижу смысла)