если система загружена, ее (раздел) отформатировать нельзя
любая прога, якобы разрешающая формать диска С из под винды попросит перезагрузку. Так что ИМХО лучше стандартными средствами с загрузочного диска.
Но похоже именно со стандартного грузится невыходит (неумеете?)
Попробуйте у знакомых взять другой диск с виндой.