Дополню:
Вчера столкнулся с проблемой по теме, делаю все, как написано здесь (после проверки и удалением вирусов), данный способ выручал меня десятки раз, но тут взял и не сработал. Причем загружаю ОС, появляется голый рабочий стол. Нажимаю CTRL+ALT+DEL, запускается "Диспетчер задач". В меню "Файл" выбираю пункт "Новая задача", в строке нажимаю "Обзор", указываю путь к explorer.exe и рабочий стол загружается. В чем глюк? Решил проблему следующим образом: В ветке реестра "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon" параметр "Shell" вместо заявленного выше значения "Explorer.exe" указал другое значение: "C:\WINDOWS\Explorer.exe". Несколько перезагрузок и все работает.