Естественно, физически на диске он остался, куда он денется.
Но управлять загрузкой он уже не может.
Лёша, я не совсем понял, что тебе требуется? Выбор ОС при загрузке? Тогда проще воспользоваться любым boot loader'ом. Да хотя бы от Partition Magic или Acronis.
... получается, что при инсталляции систем ты ФИЗИЧЕСКИ отключал диски.