В общем провалы напряжения есть не только на 12 вольтах, на 5 и 3,3 тоже есть очень хорошие провалы, сейчас разбираюсь при каких условиях эти провалы появляются. ИБП может быть и ни при чём, так как при работе от сети тоже есть провалы напряжения по линии 5 вольт до 4,1 вольта, но провалов на 12 вольтах вроде нет, хотя я тестил всего 20 минут, так что статистику я ещё не набрал.
Мне так кажется что это блок питания или материнка, но на всякий случай я протестирую все комплектующие.