На своем опыте столкнулся с форматированием флэшки под нтфс - файлы перезаписываются через раз, ссылаются то на занятость их другими программами, то на защиту файла от записи. В общем, меня хватило минут на 30 использования этой системы, после чего я форматнул ее обратно в ФАТ. И вот уже больше года с ней никаких проблем