Я бы предложил удалить все системные файлы ненужной ОСи из-под системы, установленной на диске "С", но наверняка они будут сопротивляться. Может быть, стОит поступить так: все нужные файлы временно перенести на диск "С", после это форматнуть диск "D", вернуть документы обратно. (Или, как вариант, слить файлы на любой внешний носитель.)
....правда, после этого придётся править загрузчик, потому как останется выбор ОС при загрузке, но это уже другой вопрос...