Я не понял, как это ДВЕ Винды запускаться может?
Загрузчик NTLDR управляет процессами выбора операционной системы и распознавания аппаратных средств перед инициализацией ядра. Он должен находиться в корневом каталоге системного диска, попробуй его туда прописать с дистрибутива. Если не пройдёт этот приём, думаю стоит физически отключить один из винтов, и переставить систему...