HDTune, HDDTest и т.д.
Но сначала запустите штатную программу для проверки дисков, называется она chkdsk.exe
А по сути вопроса - если размер файла превышает допустимый для корзины - файл удаляется без помещения в корзину, полностью. Отсюда встречный вопрос - какого размера файлики-то были? Скрытых и системных среди них не было? А то они и в корзине таковыми будут, следовательно, и отображаться в папке откажутся.