Разницы нет никакой.
Есть достаточно тонкие и удобные боксы для любых хардов: 2.5 ,3.5 и далее...
У меня есть хард в боксе (бокс стоит 800 руб.), он достаточно тонкий под 2.5 жесткий, немного больше размеров его самого.
Скорость работы не отличается от готового.
Стоит отметить то, что не стоит покупать дешевые боксы, заранее нарываясь на проблемы плохого контакта, некачественных материалов и тп...
У меня бокс sarotech, я очень доволен.