Может быть когда вы устанавливаете карточку и драйвера к ней, то мат. плата делает ее основной и отключает совсем интегрированный звуковой чип. А выводом звука на переднюю панель занимается именно он, попробуйте джампер перевтыкнуть или в ручную в биосе поставить интегрированый чип главным. А может просто сбросился пункт "Отключить определение гнезд передней панели"?