dks777 Немножко сумбурно. Поэтому немного общих моментов.
Современные видеокарты потребляют существенные токи по каналу +12В. Поэтому к вопросу дополнительного питания надо подходить серьёзно.
Подключать естественно оба конца. Если есть два жгута от БП(какой он?) то подключать есс. ими. Если их нет то подключать к двум жгутам с молексами(которыми подключают винчестеры и CD/DVD), а не к одному из них. Тогда суммарное сопротивление проводов будет ниже и соответственно ниже падение напряжения на них.