А в самом документе из структуры вы эти пункты удалили или нет? Оглавление создается на основе структуры документа, по уровням заголовков текста. Если вы удалили из оглавления пункт, а сам текст соответствующе не отредактировали - при обновлении поля пункты опять появятся.