СТалкивался с такой проблемой. У меня влешка на 16гб. Если форматировать под NTFS, то почему то начинает жутко тормозить. А именно сильно падает скорость записи файлов. А если копировать на неее какую нить папку с большим количеством мелких файлов, то это вообще ппц. Поэтому предпочитаю использовать программу Winrar. Просто создаю многотомный архив, который потом заливаю на флешку.