В случае с AIMP можно сделать так, как советует Олег - упаковать в архив RAR и задать сценарий действий "после распаковки". (Между прочим, CureIt так и устроен).
Единственное что, придется всякий раз после запуска ждать, пока архив распакуется.
Другая проблема, что у программы часть настроек может храниться в реестре, и если она их там не найдет - выдаст ошибку.
И да, можно написать свою утилиту - упаковщик, которая будет хранить все файлы программы в одном монолитном, и, по ее требованию, будет подсовывать куски этого файла, заместо запрашиваемых программой. Здесь уже ничего распаковывать не нужно, задержки практически не будет.
Но, повторяю, для AIMP вполне сгодится WINRAR.
Однако, если вспомнить основное предназначение AIMP - воспроизведение звука, можно пойти другим путем. Именно: взять программу, которая пакует плеер и звуковой файл в один EXE, и начинает воспроизведение при запуске этого EXE. Такая программа есть, но я, к сожалению, не помню ее названия. Ищите.