1. Проблемы с оперативкой (например, окисленные контакты)
2. Несовместимость версии антивируса и операционной системы.
3. Последствия взлома операционной системы/"кривой" дистрибутив.
4. Разрушенная структура файловой системы диска, ошибки или высокий уровень фрагментации.
Список причин можно продолжать, нужно более конкретное описание проблемы - когда выскакивает, какая ОС, какие версии антивирусов стояли и т.д.