если я правильно понял ,то когда скачивали программу - вы нажали не "СОХРАНИТЬ", а "Открыть", и потому программа с качалась во временную папку для открытия и не появилась в безопасном.
тогда или посмотреть в C:\Documents and Settings\Администратор\Local Settings\Temp и если она там ,запустить , или просто скачать как надо.
==========
режим (откуда проверяете ) влияет ,так как в безопасном режиме ,многие ресурсы и файлы не работают ( и не заблокированы системой) , и потому скан дает больший результат.