Конечно повлияет. Возможно часть программ и смогут работать в другом месте, но большинство просто перестанет работать. Я так понял, что новый диск покупается для того, чтобы облегчить жизнь старому, т.е. часть информации можно будет перенести. Я советую перенести на новый винт только музыку, фото, фильмы и прочее, что не так важно для компьютера. Программы и игры лучше оставить.