Я конечно не профи, а лишь "продвинутый" пользователь. Знаю точно, что антивирусники не конфликтуют если у них нет фаерволла.
Например: аваст + каспер = хороший тандем. Ибо у Каспера есть собственный фаерволл, а у аваста нет и поэтому их спокойно можно запускать одновременно в фоновом режиме. Так же и доктор веб можно запускать во время работы Нода или Каспера. Хотите убедиться, что компьютер в безопасности и на нем нет вирусов? Качайте вот это и запускайте !полную! проверку.
http://www.freedrweb.com/download+cureit/gr/
Насчет того почему Нод не удалял вирусы которые видел:
Либо он их тупо не находил (что вероятнее всего), либо он не настроен. То есть вам нужно посмотреть в настройках какие действия антивирус должен предпринимать при нахождении вируса.